El equipo español concluyó su participación en los Juegos Paralímpicos de Río 2016 con una cosecha total de 31 medallas (9 oros, 14 platas y 8 bronces) en seis deportes: atletismo, baloncesto en silla de ruedas, ciclismo, natación, tenis de mesa y triatlón.
Como ya ocurriera en Atenas 2004, Pekín 2008 y Londres 2012, China arrasó en el medallero (107 oros, 81 platas y 51 bronces), seguida de Gran Bretaña (64, 39 y 44), Ucrania (41, 37 y 39), Estados Unidos (40, 44 y 31), Australia (22, 30 y 29), Alemania (18, 25 y 14), Países Bajos (17, 19 y 26), Brasil (14, 29 y 29), Italia (10, 14 y 15) y Polonia (9, 18 y 12).
Con este resultado, España mejora su actuación con una medalla de oro más respecto a los Juegos Paralímpicos de Londres 2012, en los que acabó decimoséptimo en el medallero (8 oros, 18 platas y 16 bronces).
De las 31 medallas españolas, 15 llegaron en pruebas masculinas (cinco oros, siete platas y tres bronces), 15 en competiciones femeninas (cuatro oros, siete platas y cuatro bronces) y una en categoría mixta (de bronce).
Las dos federaciones que más medallas aportaron a España son la FEDDF, entidad miembro de COCEMFE, (deportistas con discapacidad física), con tres oros y 10 platas, y la FEDC (ciegos), con cinco oros, una plata y cinco bronces, la primera de ellas con más metales y la segunda con más deportistas en lo más alto del podio. Deportistas de la RFEC (ciclismo) recibieron una plata y dos bronces, la RFETM (tenis de mesa) contó con dos platas, la FEDDI (con discapacidad intelectual) logró un oro y la FETRI (triatlón) sumó un bronce.
El grueso de los metales españoles, como en ediciones paralímpicas anteriores, se produjo en la natación, cuyo equipo obtuvo 17 metales (seis oros, ocho platas y tres bronces), por delante del atletismo (tres oros, dos platas y dos bronces), el ciclismo (una plata y dos bronces), el tenis de mesa (dos platas), el baloncesto en silla de ruedas (una plata) y el triatlón (un bronce).